Popis:
V rámci studia antropologie se lidé snaží zjistit co nejvíce poznatků o sobě samých. Přirozená otázka odkud jsme a kam směřujeme lidstvo trápí už mnoho tisíc let a je tou hlavní silou, která vede k novým objevům.
V současné době jsou to právě genetické studie, které antropologům dávají do rukou nástroj k odhalení nových skutečností o lidech, jejich nemocech a příbuzenských vztazích. Genetika je také nástrojem mnoha dalších vědních oborů současnosti. Antropologie kombinuje fyzické pozorování a měření kosterního materiálu s genetickými metodami, aby tak zpřesnila a dovedla do větších podrobností výsledky svých studií. DNA molekula uložená v tkáních se dědí z generace na generaci a umožňuje tak sledovat příbuznost určité linie jednoho a více druhů. Molekulární biologie odkrývá minulost na základě studia DNA.
DNA studovaných populací po dlouhou dobu pocházela výhradně z biologického materiálu současně žijících populací. Před dvaceti lety však vyšlo najevo, že DNA přežívá i v historickém biologickém materiálu (kosti, zuby, tkáně mumifikovaných či zmrzlých těl). V polovině osmdesátých let se poprvé podařilo izolovat DNA ze svalu vyhynulého druhu zebry staré 140 let (Higuchi et al., 1984). Následné důkazy existence DNA v mnohem starších nálezech, až tisíce a dokonce milióny let, rozpoutaly celosvětovou honbu za molekulární minulostí. S možností aplikace metody PCR (Saiki et al., 1985; Mullis - Faloona, 1987) se postupně formovalo nové odvětví archeogenetika (či biomolekulární archeologie), která aplikuje molekulárně genetické metody na historickou DNA, označovanou ancient DNA - aDNA. Deoxyribonukleová kyselina se tedy kromě přízviska nositelka genetické informace stala také nositelkou informace o životě lidí v dávných dobách.
Kromě psaných zdrojů a kulturních praktik jsou samotné kosterní ostatky nejcennějším materiálem pro získání obrazu struktury pradávných populací. Do doby, než byly vynalezeny moderní molekulární techniky, byla data získávána pouze pomocí morfometrických a morfoskopických metod
Klíčová slova:
aDNA
metodika práce
čištění povrchu
amplifikace
detekce DNA
fragmenty
spektrum informací
Obsah:
- Úvod 7
Teoretická část 9
1 Adna -9-
1.1 Historický pohled na adna objevy -9-
1.2 Dna struktura a vlastnosti -10-
1.3 Adna molekula -12-
1.3.1 Chemické vlastnosti -12-
1.3.2 Zjišťování zachovalosti dna -14-
1.4 Problematika práce s adna -14-
1.4.1 Chemická modifikace -14-
1.4.2 Kontaminace -15-
1.4.3 Fragmentace -18-
2 Adna materiál -19-
2.1 Buňky kosterního materiálu, ze kterých se dna izoluje -19-
2.2 Typ biologického materiálu vhodného pro izolaci -19-
3 Informace v adna a jejich využití -21-
3.1 Spektrum informací v adna -21-
3.2 Pohlaví -23-
3.3 Amelogenin a pohlaví -23-
Metodika práce s adna 26
4 Výběr souboru -27-
4.1 Soubor žateckých jedinců -27-
4.1.1 Morfologické určení pohlaví -27-
4.2 Soubor jedinců z kriminalistického ústavu -29-
5 Čištění povrchu vzorku -31-
6 Drcení tvrdého biologického materiálu -32-
7 Izolace adna molekul -33-
7.1 Obecný pohled -33-
7.2 Výhody a nevýhody silikátové izolace -34-
7.3 Nevýhoda metody fenol-chloroformové pro adna izolaci -35-
7.4 Princip izolace -36-
7.4.1 Postup izolace -37-
8 Amplifikace zvoleného úseku adna -39-
8.1 Pcr - polymerázová řetězová reakce -39-
8.1.1 Jednotlivé komponenty pcr reakce -39-
8.2 Princip pcr -44-
8.2.1 Teplotní profily -44-
8.3 Postup přípravy pcr amplifikace -47-
8.3.1 Pcr proti-kontaminační opatření -47-
8.3.2 Mastermix -47-
8.3.3 Příprava mastermixu -49-
8.4 Optimalizace -49-
9 Detekce dna fragmentů -51-
9.1 Princip -51-
9.1.1 Hustota gelu a velikost fragmentu -51-
9.1.2 Aplikované napětí -53-
9.1.3 Pufry -53-
9.1.4 Ethidium bromid -54-
9.2 Elektroforéza v agarózovém gelu -55-
9.3 Elektroforéza v polyakrylamidovém gelu -56-
VÝsledky 59
10 Zjištěné údaje a hodnoty -59-
VÝsledek analýzy jedinců ze sbírky kriminalistického ústavu -61-
VÝsledky analýzy 19 jedinců historické populace z 11.-13. století -64-
Mps systém mtdna -70-
Amplifikace jaderného úseku amelogeninu 80/83 bp -73-
Diskuze 77
Závěr 81
Přílohy 82
Bibliografie 88
Seznam tabulek 94
Seznam obrázků 95
Seznam chemikálií 96
Seznam zkratek 96