Restrikční analýza nukleových kyselin

Způsoby restrikce
• Mechanická restrikce - ultrazvukem
- rozkmitání dlouhých molekul, lámání v místech největšího mechanického namáhání v průběhu kmitání
- možnost ovlivnit velikost získaných fragmentů výkonem ultrazvuku a dobou působení - větší výkon a delší působení » kratší fragmenty
- místa zlomu zcela nezávislá na konkrétní sekvenci DNA, náhodná » v každém experimentu i v každé molekule lámání v jiných místech » výsledky nejsou dokonale reprodukovatelné
• Chemická hydrolýza
- specifičtější štěpení, např. jen v místě výskytu adeninu (A)
- ale: vysoký výskyt A (průměrně každá čtvrtá pozici v případě jednoho vlákna, každá druhá pozice v případě dvou vláken) » výsledkem je změť velmi krátkých úlomků
- méně intenzivní hydrolýza (např. jen některé adeniny) » větší fragmenty - výběr pozic opět náhodný » výsledky nejsou dokonale reprodukovatelné

• Biochemické štěpení - pomocí speciálních enzymů, tzv. nukleáz
- exonukleázy - rozpoznávají konec řetězce nukleové kyseliny a odštěpují od tohoto konce postupně jednotlivé nukleotidy
- endonukleázy - štěpí molekulu nukleové kyseliny uvnitř
- označují se jako restrikční endonukleázy (nebo restrikční enzymy) - restrikce (omezení ) = velké molekuly štěpí na fragmenty omezené délky